La dirección de Plan Yaque está encargada de la coordinación de todas las acciones de Plan Yaque, tanto a nivel técnico como administrativo. Se realizan reuniones y visitas regulares con representantes de instituciones y organizaciones nacionales al igual que internacionales.
La estructura consiste en una Asamblea General de miembros de la cual es electa una Junta Directiva que delega acciones al Director Ejecutivo (Ing. Humberto Checo) y la Oficina Ejecutiva.